Xưa Kim Sơn cùng với Hải Hậu (Nam Định) và Tiền Hải (Thái Bình) là những vùng đất đạt năng suất lúa 5 tấn/ha đầu tiên ở Việt Nam. Nền kinh tế của huyện Kim Sơn có 3 thế mạnh: Kinh tế nông nghiệp giữ vị trí quan trọng, chiếm gần 1/3 tổng sản lượng lúa của tỉnh Ninh Bình; Ngành thủ công nghiệp truyền thống sản xuất hàng chiếu cói, có giá trị hàng hóa lớn và Khu kinh tế biển Kim Sơn đã và đang được đầu tư khai thác có tiềm năng để phát triển trung tâm thủy sản và du lịch phong phú và đa dạng.

Kim Sơn có Chợ Nam Dân ở thị trấn Phát Diệm được Bộ Công thương quy hoạch thành chợ đầu mối tổng hợp hạng 1, ngoài ra có các chợ sau là được xếp hạng chợ loại 2, 3 ở Ninh Bình: Chợ Cách Tâm - xã Chính Tâm, Chợ Chất Bình - xã Chất Bình, Chợ Cồn Thoi - xóm 5 - xã Cồn Thoi, Chợ Kim Đông - xóm 4 - xã Kim Đông, Chợ Kim Mỹ - xóm 3 - xã Kim Mỹ, Chợ Lưu Phương - xóm 8 - xã Lưu Phương, Chợ Quang Thiện - xóm 12 - xã Quang Thiện, Chợ Quy Hậu - xã Hùng Tiến, Chợ Văn Hải - xóm Động Thổ - xã Văn Hải, Chợ Yên Lộc - xóm 7 - xã Yên Lộc.

Các vùng kinh tế

Kim Sơn hình thành 2 vùng địa lý kinh tế:

• Các xã khu vực phía nam (trung tâm là thị trấn Bình Minh) nằm ở ven biển có thế mạnh về khai thác và nuôi trồng thuỷ hải sản đặc biệt là tôm, ghẹ, sò, cua v.v... Tại đây nổi tiếng với nghề trồng cói. Phía nam Kim Sơn có vùng ven biển rộng gần 6.000 ha đã được UNESCO công nhận là khu dự trữ sinh quyển thế giới, nơi đây chứa đựng nhiều tiềm năng về thủy sản và du lịch.
• Các xã phía bắc (trung tâm là thị trấn Phát Diệm) thuộc khu vực phù sa bồi đắp đất đai màu mỡ là vựa lúa của tỉnh. Tại đây còn phát triển nghề thủ công truyền thống là nghề cói. Năm 2008 Kim Sơn có 7 làng nghề được công nhận là làng nghề truyền thống chiếu cói, đó là: Làng nghề Trì Chính, Kiến Thái, Thủ Trung (xã Kim Chính), Đồng Đắc, Hướng Đạo (xã Đồng Hướng) và Ninh Mật, Yên Thổ (xã Yên Mật)[9].

Hiện Ninh Bình đang có dự kiến thành lập khu kinh tế Kim Sơn tại vùng biển bãi ngang - cồn nổi và 7 xã ven biển Kim Sơn.

Năm 2010 tốc độ tăng trưởng kinh tế của huyện đạt 13,05%, giá trị CNTTCN –xây dựng đạt 1.255 tỷ đồng giá trị sản xuất nông lâm, ngư nghiệp đạt 1.204 tỷ đồng, giá trị thương mại, dịch vụ đạt 742 tỷ đồng.

Công nghiệp - TTCN

Việc trồng và chế biến cói ở Kim Sơn vẫn giữ vai trò chủ lực. Các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh hàng thủ công mỹ nghệ xuất khẩu hàng năm đạt 5 - 10 triệu USD.

Kim Sơn có 20 làng nghề cói được tỉnh Ninh Bình cấp bằng công nhận làng nghề với hơn 5.000 doanh nghiệp, cơ sở và hộ cá thể tham gia trồng, chế biến cói. Mỗi năm, doanh thu từ chế biến cói đạt trên 200 tỷ đồng. Nghề trồng, chế biến cói đã góp phần giải quyết việc làm, tăng thu nhập cho 23.250 lao động. Năm 2006, diện tích cói của Kim Sơn đạt 409 ha và đến cuối năm 2007 đạt 474 ha; trong đó diện tích khôi phục và trồng mới là 153,8 ha. Diện tích cói được trồng tập trung ở Công ty nông nghiệp Bình Minh và 13 xã trong huyện. Tỷ trọng giá trị sản phẩm CN- TTCN trong cơ cấu kinh tế chung đến năm 2010 đạt 39%. Đến năm 2010 có 15- 20 làng nghề được tỉnh cấp bằng công nhận làng nghề, thu hút trên 80% số lao động nông nhàn vào sản xuất TTCN.

Nuôi trồng thủy sản

Năm 2007, Tổng diện tích nuôi thuỷ sản cả huyện đạt 2.916 ha, trong đó nuôi trồng thuỷ sản ven biển đạt 2.064 ha, vùng Cồn Nổi 210 ha. Sản lượng tôm sú 1.050 tấn, cua biển 1.000 tấn, tôm rảo 280 tấn và ngao 120 tấn. Sản xuất nông nghiệp của huyện đạt tốc độ tăng trưởng 90%, vượt 2,9% so với năm 2006.[10] Tới năm 2010, Tổng diện tích nuôi thuỷ sản cả huyện đạt 3.733 ha[11]

Quai đê lấn biển

1. Đê Đường Quan: được đắp năm 1830, là tuyến đê đầu tiên trong lịch sử quay đê, lấn biển tạo lập huyện Kim Sơn. Đường Quan là ranh giới của Kim Sơn với Yên Khánh.
2. Đê Hồng Ân: được đắp năm 1899, nằm bên sông Ân nối sông Càn và sông Đáy. Nơi đây trở thành trục giao thông ngang quan trọng của huyện Kim Sơn. Một phần của đê là tuyến quốc lộ 10 đoạn qua Kim Sơn.
3. Đê Hoành Trực: được đắp xong năm 1927 cùng với hình thành sông Hoành Trực.
4. Đê Văn Hải: còn gọi là đê Tùng Thiện, được đắp xong năm 1934 cùng với hình thành hạ lưu sông Cà Mau.
5. Đê Cồn Thoi: được đắp xong năm 1945.
6. Tuyến đê biển Bình Minh 1: đắp xong năm 1959, dài gần 8 km, được nâng cấp hoàn thiện với bề rộng mặt đê là 7 m, cao trình + 3,5 m, mái đê trồng cỏ chống xói mòn, sạt lở. Sau đó rải đá cấp phối mặt đê rồi cứng hóa bằng bê-tông dày 25 cm, rộng 6 m và xây dựng hệ thống gờ chắn sóng.[12]
7. Tuyến đê Bình Minh 2: đắp xong năm 1982, có chiều dài hơn 9 km được khoan phụt vữa, gia cố thân đê, mặt đê rộng 7 m, bảo đảm cao trình đỉnh đê +4 m, trong đó đổ bê-tông rộng 6 m, mái đê phía giáp sông kè bảo vệ bằng đá lát dày 30 cm, mái đê phía trong đồng thì trồng cỏ chống xói mòn và tạo cảnh quan môi trường.
8. Tuyến đê Bình Minh 3: đắp xong năm 2008 hiện đã hàn khẩu xong. Là ranh giới giữa các xã bãi ngang với vùng bãi bồi, rừng ngập mặn Kim Sơn.
9. Tuyến đê biển Bình Minh 4 được được thực hiện dự kiến sẽ có chiều dài 17 km. Tường chắn sóng phía biển, cao trình đỉnh (+5,50 m), kết cấu tường bằng bê tông cốt thép M250. Mặt đê kết hợp là đường giao thông đường bộ. Đồng thời, xây dựng 7 cống trên đê Bình Minh 4 đấu trục thẳng với các cống trên đê Bình Minh 3 và 24 cống trên đường thi công, đáp ứng việc nuôi trồng thủy sản. Dự án có tổng mức đầu tư dự kiến 1.150 tỷ đồng.[13]